Suomen Etnomusikologinen Seura ry on toiminut vuodesta 1974 lähtien etnomusikologisen tutkimuksen edistäjänä Suomessa. Vaikka seura on luonteeltaan tieteellinen yhdistys, sen jäseninä on musiikintutkimuksen ja lähitieteiden tutkijoiden, opettajien ja opiskelijoiden lisäksi myös muita musiikin ammattilaisia ja harrastajia. Seuran toiminnassa etnomusikologia ymmärretään väljästi kulttuurisensitiiviseksi asenteeksi musiikintutkimuksessa. Etnomusikologia ei liity mihinkään tiettyyn musiikinlajiin, musiikkikulttuurin tai sen osaan. Kulttuurianalyyttisen tarkastelun kohteena voi olla yhtä hyvin jazz, populaari- taide- ja kansanmusiikki kuin myös nykyinen tai mennyt, kotimainen tai ulkomainen musiikkikulttuuri.

Etnomusikologisen seuran vakituisia toimintamuotoja ovat Etnomusikologian vuosikirjan, Musiikin suunta –lehden, Julkaisusarjan ja Musetti-jäsentiedotteen julkaisemisen lisäksi erilaisten seminaarien ja tapahtumien järjestäminen.

Etnomusikologisen seuran toiminnan yleisenä tavoitteena voi pitää kulttuurikrittisen keskustelun lisäämistä suomalaisessa musiikintutkimuksessa ja musiikkikulttuurissa. Seura onkin tunnettu aktiivisena ja kantaa ottavana yhteisönä, joka pystyy uusiutumaan musiikkikulttuurissa tapahtuvien muutosten mukana. Seuran parista on vuosien varrella lähtenyt liikkeelle monenlaisia ajatuksia, jotka ovat uudistaneet niin suomalaista musiikintutkimusta kuin koko musiikkielämää.

ETNOMUSIKOLOGIAN VUOSIKIRJA on vuosittain ilmestyvä tieteellinen, vertaisarviointikäytäntöä noudattava artikkelikokoelma. Se ilmestyi paperijulkaisuna vuosina 1986-2009. Vuodesta 2010 lähtien Vuosikirja ilmestyy verkkojulkaisuna. MUSIIKIN SUUNTA on etnomusikologisesta näkökulmasta musiikkia populaarilla tavalla tarkasteleva aikakauslehti, joka ilmestyy neljä kertaa vuodessa. Artikkeleiden lisäksi siinä julkaistaan puheenvuoroja ja kirja-arvioita.

SUOMEN ETNOMUSIKOLOGISEN SEURAN JULKAISUSARJASSA julkaistaan tieteellisiä artikkelikokoelmia ja monografioita, erityisesti väitöskirjoja. Tähän mennessä julkaisusarjassa on ilmestynyt 17 teosta, joista viimeisimpiä ovat Marja Mustakallio ''Musiikkia Rajalla'' sekä Kai Åbergin ja Lotta Skaffarin ”Moniääninen mies - maskuliinisuuden kulttuurinen rakentuminen musiikissa”. Seuran pyrkii julkaisemaan yhden tai kaksi uutta suomalaista etnomusikologista tutkimusta vuosittain. Julkaisusarjassa hyväksytään julkaistavaksi käsikirjoituksia vertaisarviointikäytännön kautta.  Hyväksyttyjen käsikirjoitusten painattamista tuetaan taloudellisesti. Seura huolehtii yhteistyössä Tiedekirjan kanssa kirjojen levityksestä.

Etnomusikologinen seura on vuodesta 1998 lähtien järjestänyt yhteistyössä Suomen musiikkitieteellisen seuran kanssa MUSIIKINTUTKIMUKSEN KANSALLISEN SYMPOSIUMIN, joka tarjoaa katsauksen uusimpaan suomalaiseen musiikintutkimukseen. Symposiumi kokoaa yhteen suomalaisia musiikintutkijoita. Siellä esiintyy myös ulkomaisia vieraita. Etnomusikologinen ja Musiikkitieteellinen seura julkaisevat yhdessä kaksi kertaa vuodessa ilmestyvän MUSETTI-JÄSENTIEDOTTEEN, joka sisältää tietoja seurojen ja musiikintutkimusta harjoittavien laitosten toiminnasta ja tapahtumista.

Toiminnan organisoimiseksi pidetään säännöllisesti kaksi kaikille jäsenille avointa vuosikokousta: marras-joulukuussa valitaan seuraavan vuoden hallitus ja helmi-maaliskuussa tehdään tilinpäätös. Molemmissa kokouksissa keskustellaan myös seuran tulevasta toiminnasta. Näiden sääntömääräisten kokousten lisäksi järjestetään tapahtumia ja seminaareja, useimmiten yhteistyössä musiikkitieteen tai etnomusikologian oppiaineiden kanssa. Esimerkiksi vuonna 2009 järjestettiin Helsingissä ETNOMUSIKOLOGIAN TOUKOPÄIVÄ teemana Musiikki mediassa ja jatko-opiskelijoille suunnattu ETNOMUSIKOLOGIAN MARRASSEMINAARI Järvenpäässä. Kuluvana vuonna Tampereella järjestettävä Toukopäivä keskittyy musiikkiteollisuuteen.  Tapahtumia ja seminaareja pyritään järjestämään eri paikkakunnilla, ja niihin ovat tervetulleita kaikki seuran jäsenet.

Suomen etnomusikologinen seura on International Council for Traditional Musicissa Suomea edustava kansallinen komitea. Maailman musiikin keskuksen jäsenjärjestönä se osallistuu monipuolisesti vahvistamaan ja levittämään tietoa maailman musiikkikulttuureista.